El 20 de diciembre del año 2005, la Quincuagésima Novena Legislatura Constitucional del Estado de Oaxaca, aprobó el Decreto número 197 que contiene la Ley de Justicia Administrativa, la cual fue publicada en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado de Oaxaca el 31 de diciembre del mismo año y entró en vigor el 1 de enero de 2006.

El 9 de enero del año 2007, se realizó la instalación formal del Tribunal de lo Contencioso Administrativo de Oaxaca. Con motivo de la Reforma a la Constitución Política de nuestro Estado, el 15 de abril del año 2011, el Tribunal de lo Contencioso Administrativo se convierte en un Tribunal especializado integrante del Poder Judicial de nuestra entidad.

En el año 2012, se reformaron diversos artículos de la Ley de Justicia Administrativa para el Estado de Oaxaca y en cumplimiento a los acuerdos generales emitidos por el Pleno del Consejo de la Judicatura del Poder Judicial del Estado de Oaxaca, el 15 de enero del año 2015 se instalaron dos juzgados en materia contenciosa administrativa.

En sesión de fecha 9 de abril del año 2015, la Sexagésima Segunda Legislatura Constitucional del Estado Libre y Soberano de Oaxaca, nombró como magistrado integrante de este órgano jurisdiccional al Lic. Enrique Pacheco Martínez, emitiendo el decreto 1243, el cual se se publica en el Periódico Oficial del Gobierno del Estado número 17 de fecha 25 de abril del mismo año y en cumplimiento al artículo 97 de la Ley de Justicia Administrativa para el estado de Oaxaca, rindió protesta ante el Pleno del Honorable Tribunal Superior de Justicia el 30 de abril del presente año.

Así mismo, acorde al decreto 1263, por el que la Sexagésima Segunda Legislatura Constitucional del Estado Libre y Soberano de Oaxaca, reforma, adiciona y deroga diversas disposiciones de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Oaxaca en las materias de Derechos Humanos, Transparencia, Procuración de Justicia, Político Electoral y Combate a la Corrupción, publicado en el Extra del Periódico Oficial del Gobierno del Estado, el 30 de junio del año 2015, se creó el Tribunal de lo Contencioso Administrativo y de Cuentas y en transitorio vigésimo séptimo determinó que para efectos de cumplir con el mandato del Artículo 111, los Tribunales de lo Contencioso Administrativo y de fiscalización se fusionaran para crear el Tribunal de lo Contencioso Administrativo y de Cuentas.

Mediante el Decreto 786, publicado en el Extra del Periódico Oficial de 16 de enero de 2018, la Sexagésima Tercera Legislatura Constitucional del Estado de Oaxaca, reformó, adicionó y derogó diversas disposiciones de la Constitución Política del Estado Libre y Soberano de Oaxaca; entre las cuales se encuentra la adición de un capítulo al Título Sexto, relativo a los órganos autónomos, denominado “Del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Oaxaca”; y como consecuencia, el Tribunal de lo Contencioso Administrativo y de Cuentas del Poder Judicial del Estado de Oaxaca desaparece y se crea el Tribunal de Justicia Administrativa como órgano constitucional autónomo.

En cumplimiento al citado Decreto, el 28 de febrero del año 2018, se instaló el Tribunal de Justicia Administrativa del Estado de Oaxaca.